Apesar de o governo português ter defendido, em princípio, a liberdade indígena, os colonos recorreram por diversas vezes à “guerra justa". O conceito de “guerra justa”, aplicado pelos colonizadores portugueses no Brasil, buscava justificar:
Ⓐ a introdução de escravizados africanos.
Ⓑ a repressão de revoltas coloniais.
Ⓒ o enfrentamento dos invasores estrangeiros.
Ⓓ o extermínio das organizações quilombolas.
Ⓔ a escravização dos povos indígenas.