Durante o governo de Prudente de Morais, o Arraial de Canudos, liderado por Antônio Conselheiro no sertão baiano, foi completamente destruído. Na capital da República, o Rio de Janeiro, o conflito foi interpretado e instrumentalizado politicamente pelos jacobinos da seguinte forma:
Ⓐ Como um movimento legítimo da baixa classe média urbana em defesa do aumento de salários e contra a carestia de vida.
Ⓑ Como uma conspiração orquestrada oculta por políticos monarquistas, uma vez que a pregação anticlerical de Conselheiro ameaçava a separação entre Estado e Igreja.
Ⓒ Como uma ameaça real de restauração monárquica manipulada por forças ocultas, justificando a violência militar em nome da defesa da "civilização" contra a "barbárie".
Ⓓ Como uma revolta camponesa apoiada abertamente pelos comerciantes portugueses (os "galegos") estabelecidos no Rio de Janeiro.
Ⓔ Como um protesto orquestrado pela Companhia de Jesus para revogar o casamento civil introduzido pelos maçons e ateus na capital.